1、RNA提取得率低。
(1) 样本保存不当或者样本保存时间过久。样本保存不当或者保存时间过长都有可能导致RNA的降解，采集新鲜样本或经过液氮速冻后保存于-70℃或液氮中的样本。
(2) 匀浆或者液氮研磨不充分。匀浆或者液氮研磨不充分，裂解不充分，导致RNA的释放不充分。
(3) 组织或者细胞中RNA含量偏低：不同细胞和组织中 RNA 的丰度不同，需做预实验确定合适的样品起始量。
(4) 组织起始量太少或者太多：样品量过少，则细胞组织中RNA含量较低；样品量过多则可能超过裂解液的裂解能力，裂解将不完全，从而导致RNA得率低或质量下降。
(5) 洗脱不充分。RNase-free ddH2O滴加到纯化柱膜中央。纯化柱的洗脱体积为50-200 μl，若洗脱效果不理想，可以加入在65℃预热的RNase-free ddH2O后，延长室温放置时间，离心后进行第二次洗脱。
2、gDNA-Filter Columns堵塞问题。
(1) 样品用量太多。本试剂盒适用于提取10-20 mg动物组织或者2-5×106个细胞，超量的组织会降低产量以及纯度，操作时应减少样本使用量。
(2) 样品富含肌纤维。肌肉、心脏以及皮肤等富含肌纤维，肌纤维的分子量大，会引起柱子堵塞，样本处理时采用液氮研磨方式会降低堵柱现象。
(3) 组织研磨或者匀浆不充分。研磨或者匀浆不充分时，碎片有可能导致柱堵塞，将裂解后的液体先进行 13,000×g 离心5 min，取上清再加入gDNA-Filter Columns。
3、RNA降解。
纯化后的RNA降解与样本质量、是否被RNase污染、操作方式等因素有关：
(1) 样本因为没有及时保存，导致RNA降解。组织样本或者细胞在收集后若不及时进行后续实验，液氮速冻后于-80℃保存。
(2) 样本反复冻融。组织样本保存时，分小块保存，避免因反复冻融导致样本降解。
(3) 电泳原因。常见的RNA降解现象部分因为电泳过程引起的，电泳前将电泳槽用3％双氧水浸泡20 min，之后用RNase-free ddH2O进行冲洗，电泳缓冲液用RNase-free ddH2O配置。
(4) 确保提取过程中使用的枪头和离心管均为RNase-free。
4、提取的RNA有基因组DNA污染。
不同种类组织细胞DNA、RNA含量相差很大，请勿超过20 mg组织和5×106细胞。如肝脏、脾脏和肾脏DNA含量丰富，请勿超过10 mg，否则会导致基因组残留过多。gDNA-Filter Columns能够有效去除体系中大部分DNA，如果下游实验对微量DNA十分敏感，可根据具体情况选择选择使用以下方案：
(1) 使用试剂盒提供的DNase I进行膜上消化清除DNA污染。
(2) 设计引物时选用跨内含子的引物，从而避免基因组DNA模板参与扩增反应。
(3) 逆转录时选择含有基因组去除模块的逆转录试剂。